Mục tiêu tổng thể của việc triển khai DDCI là thúc đẩy cải thiện chất lượng quản trị, điều hành kinh tế của các sở, ngành, huyện, thị tại mỗi tỉnh, thành phố, tạo động lực cải cách liên tục và đồng bộ giữa các ngành, các cấp nhằm tạo môi trường đầu tư kinh doanh thuận lợi, thông thoáng, minh bạch tại địa phương.
DDCI hướng đến các mục tiêu cụ thể sau:
1. DDCI nhằm mục tiêu xây dựng hình ảnh thân thiện và cầu thị của chính quyền các địa phương đối với cộng đồng kinh doanh. Đây cũng chính là hoạt động góp phần thực hiện yêu cầu của Chính phủ trong thời gian gần đây về chuyển từ chính quyền quản lý sang xây dựng chính quyền phục vụ.
2. DDCI cung cấp cho lãnh đạo tỉnh, thành phố một công cụ hiệu quả để giảm sát và chỉ đạo cải thiện chất lượng điều hành đối với các sở, ngành, và huyện, thị. Phản hồi của cộng đồng doanh nghiệp qua điều tra DDCI cung cấp những thông tin chân thực, khách quan về quá trình thực hiện thủ tục hành chính và làm việc với các sở, ngành, huyện, thị. Đây chính là nguồn thông tin tham khảo độc lập, khách quan cho các nhà lãnh đạo tỉnh, thành phố để có chỉ đạo kịp thời nhằm cải thiện chất lượng hoạt động của các đơn vị có liên quan.
3. DDCI giúp lãnh đạo tỉnh, thành phố xác định được những thực tiễn tốt trong cải cách hành chính tại chính các đơn vị sở, ngành và huyện, thị, để từ đó nhân rộng ra các huyện hoặc sở, ngành khác.
4. DDCI hỗ trợ lãnh đạo các sở ngành, huyện, thị cải thiện hiệu quả hoạt động của đơn vị mình. Kết quả điều tra DDCI giúp lãnh đạo các đơn vị nhận diện rõ những điểm mạnh cần phát huy và những hạn chế cần khắc phục trong hoạt động của mỗi sở ngành, huyện, thị trong diện đánh giá. Từ đó, lãnh đạo các đơn vị có thể xác định trọng tâm cải cách, lựa chọn và triển khai các giải pháp phù hợp thực tế và kịp thời.
5. DDCI khuyến khích sự cạnh tranh, thi đua lành mạnh giữa các sở, ban, ngành và huyện, thị trong việc cải thiện mức độ hài lòng của nhà đầu tư, doanh nghiệp trong quá trình giải quyết thủ tục hành chính tại mỗi đơn vị, cơ quan, từ đó góp phần vào nỗ lực chung của chính quyền tỉnh, thành phố trong việc tạo lập môi trường kinh doanh thuận lợi cho nhà đầu tư, doanh nghiệp.
6. DDCI nhằm mục tiêu tạo ra kênh thông tin phản hồi rộng rãi, minh bạch và tin cậy để nhà đầu tư, doanh nghiệp tham gia đóng góp ý kiến đối với chính quyền địa phương và các sở, ngành trong việc nâng cao chất lượng điều hành và cải thiện môi trường kinh doanh tại địa phương. Việc triển khai DCCI sẽ giúp chính quyền địa phương nâng cao trách nhiệm giải trình, nắm bắt, thu thập thường xuyên các khó khăn, vướng mắc của cộng đồng kinh doanh tại địa phương, phản ánh kịp thời tới các cơ quan nhà nước có liên quan tại tỉnh, thành phố để có giải pháp xử lý nhanh chóng và hiệu quả.